Diagnostic en infectiologie : comment choisir entre PCR et sérologie et réaliser les bons prélèvements ?

Sérologie :

Détection d'anticorps (IgG ou IgM, le plus souvent)
Coût réduit, facile à mettre en œuvre.
Bonne sensibilité pour les ELISA.
Détecte une trace de contact, la présence d'anticorps n'indique pas forcément que les symptômes présentés par l'animal sont liés à l'agent pathogène contre lequel des anticorps sont détectés.
De très nombreux tests sérologiques ne dépistent que les IgG. Les IgG mettent environ 15 jours à être produits, après l'apparition des premiers symptômes. Si les symptômes évoluent depuis peu à la date de prélèvement, la réalisation d'une cinétique sérologique est fortement conseillée, afin d'objectiver une séroconversion.
Pour de nombreuses sérologies, absence de diagnostic différentiel entre des anticorps vaccinaux et des anticorps produits après une infection naturelle. Sur un animal vacciné, la réalisation d'une cinétique sérologique est souvent nécessaire.
Le titre sérologique peut décroître très lentement après traitement et guérison clinique et n'est pas toujours informatif dans le suivi post-traitement.

PCR :

Détecte le génome de l'agent pathogène à un endroit donné et au moment précis du prélèvement.
Très sensible et spécifique.
Rapide à mettre en œuvre.
Utilisable en phase aigüe de l'infection, avant que les anticorps ne soient produits.
Nécessite de très bien connaître la pathogénie de la maladie pour savoir où va se trouver l'agent pathogène (sang, LCR, urines, foie etc..) au moment où le prélèvement est effectué. Si le prélèvement est fait sur une matrice où l'agent pathogène n'est pas présent, risque de conclure de façon erronée que les symptômes de l'animal ne sont pas liés à cet agent pathogène.
Peut être négative suite à une administration d'antibiotiques (cas de la leptospirose, après administration de pénicilline ou de tétracyclines) ou d'autres molécules médicamenteuses (cas de la PCR Babesia sp après administration de Carbesia par exemple)

Sérologie :

Toujours privilégier la matrice « Sérum »
0,5 mL de sérum au minimum.
Centrifuger avant envoi afin d'éviter l'hémolyse et de limiter le bruit de fond, notamment pour les analyses d'immunofluorescence indirecte.

PCR :

Les organes, biopsies, écouvillons secs, liquides biologiques autres que le sang, sont congelables à - 20°C si nécessaire en attendant l'envoi au laboratoire.
Le sang total EDTA ne doit pas être congelé et doit parvenir au laboratoire au maximum 4 jours après le prélèvement

Chien

AGENT PATHOGÈNE	MATRICE
Babesia sp	Sang total, rate
Paramyxovirus de Carré	Ecouvillon conjonctival sec, selles (si diarrhée), écouvillon pharyngé sec, LBA (si symptômes respiratoires), sang total EDTA
Coronavirus canin	Selles, liquide intestinal
Ehrlichia canis	Sang total EDTA, rate
Herpesvirus canin	Avorton, placenta, écouvillon vaginal sec
Leptospira sp	Sang EDTA (jusqu'à 8 jours après apparition des symptômes), urines (après 10 jours d'évolution des symptômes) ; LCR si symptômes méningés ; foie, reins si animal décédé
Borrelia burgdorferi	Bactériémie très rare, les PCR sont souvent négatives sur le sang- Privilégier PCR sur liquide synovial (si arthrite) ou LCR (si symptômes nerveux)
Parvovirus canin	Selles, liquide intestinal, nœuds lymphatiques mésentériques, éventuellement sang total EDTA
Leishmania infantum	Privilégier nœuds lymphatiques, moëlle osseuse, biopsies cutanées- agent pathogène non systématiquement retrouvé dans le sang
Toxoplasma gondii :	LCR, muscle
Toux de chenil (Bordetella bronchiseptica + adenovirus canin + Parainfluenza 2	Écouvillon sec oropharyngé, LBA, poumons

Chat

AGENT PATHOGÈNE	MATRICE
Calicivirus félin	Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal- forme hypervirulente : sang total EDTA, liquide synovial, biopsies
Chlamydophila sp	Écouvillon conjonctival, nasal, LBA, poumons
Coronavirus félin	Selles, écouvillon rectal pour les formes entéritiques ; si suspicion de PIF : sang total EDTA, LCR, humeur aqueuse, foie, reins
FeLV	Sang total EDTA, moëlle osseuse, rate
FIV	Sang total EDTA , moëlle osseuse, rate
Hémobartonellose (Mycoplasma haemominutum et haemofelis)	Sang total EDTA
Herpesvirus félin	Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal, cornée, organes chatons (foie, poumons), placenta
Mycobacterium sp	Biopsies organes, nœuds lymphatiques, liquide d'épanchement
Mycoplasma sp	Écouvillon sec, LBA, poumons
Parvovirus félin	Selles, sang total EDTA
Coryza (Calicivirus + Chlamydophila sp + Herpesvirus félin)	Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal
Tritrichomonas fœtus	Selles

Cheval

AGENT PATHOGÈNE	MATRICE
Babesia caballi /Theileria equi	Sang total EDTA si cheval non traité au Carbesia
Leptospira sp	Sang total EDTA si phase aigüe et hyperthermie (jusqu'à 8 jours après apparition des symptômes), urines (après 10 jours minimum d'évolution des symptômes) si cheval non traité aux antibiotiques ; placenta, foie de l'avorton,
Anaplasma phagocytophilum	Sang total EDTA si cheval non traité aux tétracyclines
Borrelia burgdorferi	Éviter le sang total EDTA, bactériémie très rare et intermittente- liquide synovial si arthrite, LCR si symptômes nerveux- Associer à la sérologie dans tous les cas
Herpesvirus 1,2,4	Sang total EDTA si hyperthermie, écouvillon pharyngé profond sec, LBA, LTR, poumons, LCR, placenta, organes de l'avorton- Herpesvirus 2 : écouvillon cornéen sec possible en plus
Influenza virus H3N7, H7N7	Écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR
Rhodococcus equi	LBA, LTR, écouvillon pharyngé profond, liquide synovial, biopsies d'organes, poumons, éviter le sang total EDTA si pas d'hyperthermie au moment du prélèvement
Adenovirus, Rhinovirus	Écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR
Streptococcus equi equi	Matériel de cytoponction, biopsies, écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR, lavage de poches guttrales
Lawsonia intracellularis	Crottins, biopsies, intestins

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