Diagnostic en infectiologie : comment choisir entre PCR et sérologie et réaliser les bons prélèvements ?
Principes :
Sérologie :
- Détection d'anticorps (IgG ou IgM, le plus souvent)
- Coût réduit, facile à mettre en œuvre.
- Bonne sensibilité pour les ELISA.
- Détecte une trace de contact, la présence d'anticorps n'indique pas forcément que les symptômes présentés par l'animal sont liés à l'agent pathogène contre lequel des anticorps sont détectés.
- De très nombreux tests sérologiques ne dépistent que les IgG. Les IgG mettent environ 15 jours à être produits, après l'apparition des premiers symptômes. Si les symptômes évoluent depuis peu à la date de prélèvement, la réalisation d'une cinétique sérologique est fortement conseillée, afin d'objectiver une séroconversion.
- Pour de nombreuses sérologies, absence de diagnostic différentiel entre des anticorps vaccinaux et des anticorps produits après une infection naturelle. Sur un animal vacciné, la réalisation d'une cinétique sérologique est souvent nécessaire.
- Le titre sérologique peut décroître très lentement après traitement et guérison clinique et n'est pas toujours informatif dans le suivi post-traitement.
PCR :
- Détecte le génome de l'agent pathogène à un endroit donné et au moment précis du prélèvement.
- Très sensible et spécifique.
- Rapide à mettre en œuvre.
- Utilisable en phase aigüe de l'infection, avant que les anticorps ne soient produits.
- Nécessite de très bien connaître la pathogénie de la maladie pour savoir où va se trouver l'agent pathogène (sang, LCR, urines, foie etc..) au moment où le prélèvement est effectué. Si le prélèvement est fait sur une matrice où l'agent pathogène n'est pas présent, risque de conclure de façon erronée que les symptômes de l'animal ne sont pas liés à cet agent pathogène.
- Peut être négative suite à une administration d'antibiotiques (cas de la leptospirose, après administration de pénicilline ou de tétracyclines) ou d'autres molécules médicamenteuses (cas de la PCR Babesia sp après administration de Carbesia par exemple)
Recommandations pratiques pour les principales analyses effectuées chez ORBIO :
Sérologie :
- Toujours privilégier la matrice « Sérum »
- 0,5 mL de sérum au minimum.
- Centrifuger avant envoi afin d'éviter l'hémolyse et de limiter le bruit de fond, notamment pour les analyses d'immunofluorescence indirecte.
PCR :
- Les organes, biopsies, écouvillons secs, liquides biologiques autres que le sang, sont congelables à - 20°C si nécessaire en attendant l'envoi au laboratoire.
- Le sang total EDTA ne doit pas être congelé et doit parvenir au laboratoire au maximum 4 jours après le prélèvement
Choix de prélèvements pour les PCR, modulables en fonction des symptômes :
Chien
AGENT PATHOGÈNE |
MATRICE |
Babesia sp |
Sang total, rate |
Paramyxovirus de Carré |
Ecouvillon conjonctival sec, selles (si diarrhée), écouvillon pharyngé sec, LBA (si symptômes respiratoires), sang total EDTA |
Coronavirus canin |
Selles, liquide intestinal |
Ehrlichia canis |
Sang total EDTA, rate |
Herpesvirus canin |
Avorton, placenta, écouvillon vaginal sec |
Leptospira sp |
Sang EDTA (jusqu'à 8 jours après apparition des symptômes), urines (après 10 jours d'évolution des symptômes) ; LCR si symptômes méningés ; foie, reins si animal décédé |
Borrelia burgdorferi |
Bactériémie très rare, les PCR sont souvent négatives sur le sang- Privilégier PCR sur liquide synovial (si arthrite) ou LCR (si symptômes nerveux) |
Parvovirus canin |
Selles, liquide intestinal, nœuds lymphatiques mésentériques, éventuellement sang total EDTA |
Leishmania infantum |
Privilégier nœuds lymphatiques, moëlle osseuse, biopsies cutanées- agent pathogène non systématiquement retrouvé dans le sang |
Toxoplasma gondii : |
LCR, muscle |
Toux de chenil (Bordetella bronchiseptica + adenovirus canin + Parainfluenza 2 |
Écouvillon sec oropharyngé, LBA, poumons |
Chat
AGENT PATHOGÈNE |
MATRICE |
Calicivirus félin |
Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal- forme hypervirulente : sang total EDTA, liquide synovial, biopsies |
Chlamydophila sp |
Écouvillon conjonctival, nasal, LBA, poumons |
Coronavirus félin |
Selles, écouvillon rectal pour les formes entéritiques ; si suspicion de PIF : sang total EDTA, LCR, humeur aqueuse, foie, reins |
FeLV |
Sang total EDTA, moëlle osseuse, rate |
FIV |
Sang total EDTA , moëlle osseuse, rate |
Hémobartonellose (Mycoplasma haemominutum et haemofelis) |
Sang total EDTA |
Herpesvirus félin |
Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal, cornée, organes chatons (foie, poumons), placenta |
Mycobacterium sp |
Biopsies organes, nœuds lymphatiques, liquide d'épanchement |
Mycoplasma sp |
Écouvillon sec, LBA, poumons |
Parvovirus félin |
Selles, sang total EDTA |
Coryza (Calicivirus + Chlamydophila sp + Herpesvirus félin) |
Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal |
Tritrichomonas fœtus |
Selles |
Cheval
AGENT PATHOGÈNE |
MATRICE |
Babesia caballi /Theileria equi |
Sang total EDTA si cheval non traité au Carbesia |
Leptospira sp |
Sang total EDTA si phase aigüe et hyperthermie (jusqu'à 8 jours après apparition des symptômes), urines (après 10 jours minimum d'évolution des symptômes) si cheval non traité aux antibiotiques ; placenta, foie de l'avorton, |
Anaplasma phagocytophilum |
Sang total EDTA si cheval non traité aux tétracyclines |
Borrelia burgdorferi |
Éviter le sang total EDTA, bactériémie très rare et intermittente- liquide synovial si arthrite, LCR si symptômes nerveux- Associer à la sérologie dans tous les cas |
Herpesvirus 1,2,4 |
Sang total EDTA si hyperthermie, écouvillon pharyngé profond sec, LBA, LTR, poumons, LCR, placenta, organes de l'avorton- Herpesvirus 2 : écouvillon cornéen sec possible en plus |
Influenza virus H3N7, H7N7 |
Écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR |
Rhodococcus equi |
LBA, LTR, écouvillon pharyngé profond, liquide synovial, biopsies d'organes, poumons, éviter le sang total EDTA si pas d'hyperthermie au moment du prélèvement |
Adenovirus, Rhinovirus |
Écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR |
Streptococcus equi equi |
Matériel de cytoponction, biopsies, écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR, lavage de poches guttrales |
Lawsonia intracellularis |
Crottins, biopsies, intestins |