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Coproculture : bactéries pathogènes - champignons - antibiogrammes

La coproculture doit être utilisée de façon ciblée, dans certaines conditions. En effet les selles ne sont pas un milieu stérile et la recherche se limite à quelques agents pathogènes.

1. Définition

Il s'agit d'un examen bactériologique (et fongique) des selles. Des germes spécifiquement pathogènes sont recherchés : Salmonelles, Escherichia coli entéropathogènes,  Campylobacter, spp  Yersinia spp ... Cette recherche se fait via des milieux de cultures spécifiques. Cet examen peut être complété par une recherche de levures et moisissures pathogènes telle que Candida albicans (notamment chez des individus immuno-déprimés).

2. Indications

Les indications sont relativement limitées et la clinique doit prendre une part importante dans le diagnostic. Ainsi, sont des indications :

  • Toute diarrhée persistante (notamment d'origine colique)
  • Diarrhée pouvant être d'origine infectieuse (hyperthermie, leucocytose, neutrophilie sanguine et neutrophiles à la cytologie fécale, ...)
  • Suspicion du rôle d'un pathogène particulier
  • Diarrhée d'origine nosocomiale

3. Conditions de prélèvement

Une noix de selles dans un récipient propre et bien fermé ou l'équivalent si les selles sont diarrhéiques. Le prélèvement de selles très fraîches semble la meilleure option fournissant une charge importante en pathogènes.

4. Techniques d'analyse

Ensemencement de milieux sélectionnant les germes recherchés :

  • Gélose non spécifique Columbia enrichie au sang de mouton
  • Salmonella spp : enrichissement en milieu MKTT et ensemencement le lendemain sur gélose ASAP
  • Gélose spécifique pour Campylobacter spp
  • Gélose spécifique pour Yersinia spp
  • Gélose spécifique pour Shigella spp (si recherchées)
  • Gélose Sabouraud pour les Levures et Mycètes

Un antibiogramme est éventuellement effectué pour tester la sensibilité ou la résistance d'une souche potentiellement pathogène. Les antibiogrammes sont réalisés selon la norme NFU47-107 chez Orbio.

5. Interprétation

Un résultat positif pour un pathogène donné doit être mis en relation avec l'anamnèse, l'environnement épidémiologique, la clinique et les autres analyses de laboratoire. En effet des germes supposés pathogènes sont fréquemment retrouvés chez des animaux sains (tels que Clostridium spp chez les Equidés et les Ruminants). La recherche de toutes les souches potentiellement pathogènes ne présente donc que peu d'intérêt. Le nombre de colonies par gramme de fèces (notamment pour les Escherichia coli et les Clostridies)  peut également fournir des informations utiles pour quantifier une infection. Une analyse quantitative peut être effectuée sur demande chez Orbio.

Remarque : les selles provenant d'un animal sain ne doivent comporter aucune des bactéries pathogènes citées plus haut et l'équilibre des différentes populations bactériennes doit être respecté.

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