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Diagnostic en infectiologie : comment choisir entre PCR et sérologie et réaliser les bons prélèvements ?

Principes :

Sérologie :

  • Détection d'anticorps (IgG ou IgM, le plus souvent)Sérologie ELISA Diagnostic infectiologie
  • Coût réduit, facile à mettre en œuvre.
  • Bonne sensibilité pour les ELISA.
  • Détecte une trace de contact, la présence d'anticorps n'indique pas forcément que les symptômes présentés par l'animal sont liés à l'agent pathogène contre lequel des anticorps sont détectés.
  • De très nombreux tests sérologiques ne dépistent que les IgG. Les IgG mettent environ 15 jours à être produits, après l'apparition des premiers symptômes. Si les symptômes évoluent depuis peu à la date de prélèvement, la réalisation d'une cinétique sérologique est fortement conseillée, afin d'objectiver une séroconversion.
  • Pour de nombreuses sérologies, absence de diagnostic différentiel entre des anticorps vaccinaux et des anticorps produits après une infection naturelle. Sur un animal vacciné, la réalisation d'une cinétique sérologique est souvent nécessaire.
  • Le titre sérologique peut décroître très lentement après traitement et guérison clinique et n'est pas toujours informatif dans le suivi post-traitement.   

PCR :

  • Détecte le génome de l'agent pathogène à un endroit donné et au moment précis du prélèvement.
  • Très sensible et spécifique.
  • Rapide à mettre en œuvre.
  • Utilisable en phase aigüe de l'infection, avant que les anticorps ne soient produits.
  • Nécessite de très bien connaître la pathogénie de la maladie pour savoir où va se trouver l'agent pathogène (sang, LCR, urines, foie etc..) au moment où le prélèvement est effectué. Si le prélèvement est fait sur une matrice où l'agent pathogène n'est pas présent, risque de conclure de façon erronée que les symptômes de l'animal ne sont pas liés à cet agent pathogène.
  • Peut être négative suite à une administration d'antibiotiques (cas de la leptospirose, après administration de pénicilline ou de tétracyclines) ou d'autres molécules médicamenteuses (cas de la PCR Babesia sp après administration de Carbesia par exemple)

                                                        Graphique PCR diagnostic infectiologie

Recommandations pratiques pour les principales analyses effectuées chez ORBIO :

Sérologie :

  • Toujours privilégier la matrice « Sérum »
  • 0,5 mL de sérum au minimum.
  • Centrifuger avant envoi afin d'éviter l'hémolyse et de limiter le bruit de fond, notamment pour les analyses d'immunofluorescence indirecte.

PCR :

  • Les organes, biopsies, écouvillons secs, liquides biologiques autres que le sang, sont congelables à - 20°C si nécessaire en attendant l'envoi au laboratoire.
  • Le sang total EDTA ne doit pas être congelé et doit parvenir au laboratoire au maximum 4 jours après le prélèvement

Choix de prélèvements pour les PCR, modulables en fonction des symptômes :

Chien

AGENT PATHOGÈNE

MATRICE                                               

Babesia sp     

Sang total, rate                                                      

Paramyxovirus de Carré  

Ecouvillon conjonctival sec, selles (si diarrhée), écouvillon pharyngé sec, LBA (si symptômes respiratoires), sang total EDTA

Coronavirus canin 

Selles, liquide intestinal

Ehrlichia canis 

Sang total EDTA, rate

Herpesvirus canin 

Avorton, placenta, écouvillon vaginal sec

Leptospira sp 

Sang EDTA (jusqu'à 8 jours après apparition des symptômes), urines (après 10 jours d'évolution des symptômes) ; LCR si symptômes méningés ; foie, reins si animal décédé

Borrelia burgdorferi 

Bactériémie très rare, les PCR sont souvent négatives sur le sang- Privilégier PCR sur liquide synovial (si arthrite) ou LCR (si symptômes nerveux)

Parvovirus canin 

Selles, liquide intestinal, nœuds lymphatiques mésentériques, éventuellement sang total EDTA

Leishmania infantum 

Privilégier nœuds lymphatiques, moëlle osseuse, biopsies cutanées- agent pathogène non systématiquement retrouvé dans le sang

Toxoplasma gondii :

LCR, muscle

Toux de chenil (Bordetella bronchiseptica + adenovirus canin + Parainfluenza 2

Écouvillon sec oropharyngé, LBA, poumons

Chat

AGENT PATHOGÈNE

MATRICE                                               

Calicivirus félin 

Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal- forme hypervirulente : sang total EDTA, liquide synovial, biopsies

Chlamydophila sp 

Écouvillon conjonctival, nasal, LBA, poumons

Coronavirus félin 

Selles, écouvillon rectal pour les formes entéritiques ; si suspicion de PIF : sang total EDTA, LCR, humeur aqueuse, foie, reins

FeLV 

Sang total EDTA, moëlle osseuse, rate

FIV 

Sang total EDTA , moëlle osseuse, rate

Hémobartonellose (Mycoplasma haemominutum et haemofelis) 

Sang total EDTA

Herpesvirus félin 

Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal, cornée, organes chatons (foie, poumons), placenta

Mycobacterium sp 

Biopsies organes, nœuds lymphatiques, liquide d'épanchement

Mycoplasma sp 

Écouvillon sec, LBA, poumons

Parvovirus félin 

Selles, sang total EDTA

Coryza (Calicivirus + Chlamydophila sp + Herpesvirus félin) 

Écouvillon sec conjonctival, nasal, buccal

Tritrichomonas fœtus 

Selles

Cheval

AGENT PATHOGÈNE 

MATRICE                                               

Babesia caballi /Theileria equi 

Sang total EDTA si cheval non traité au Carbesia

Leptospira sp 

Sang total EDTA si phase aigüe et hyperthermie (jusqu'à 8 jours après apparition des symptômes), urines (après 10 jours minimum d'évolution des symptômes) si cheval non traité aux antibiotiques ; placenta, foie de l'avorton,

Anaplasma phagocytophilum 

Sang total EDTA si cheval non traité aux tétracyclines

Borrelia burgdorferi 

Éviter le sang total EDTA, bactériémie très rare et intermittente- liquide synovial si arthrite, LCR si symptômes nerveux- Associer à la sérologie dans tous les cas

Herpesvirus 1,2,4 

Sang total EDTA si hyperthermie, écouvillon pharyngé profond sec, LBA, LTR, poumons, LCR, placenta, organes de l'avorton- Herpesvirus 2 : écouvillon cornéen sec possible en plus

Influenza virus H3N7, H7N7 

Écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR

Rhodococcus equi 

LBA, LTR, écouvillon pharyngé profond, liquide synovial, biopsies d'organes, poumons, éviter le sang total EDTA si pas d'hyperthermie au moment du prélèvement

Adenovirus, Rhinovirus 

Écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR

Streptococcus equi equi 

Matériel de cytoponction, biopsies, écouvillon pharyngé profond, LBA, LTR, lavage de poches guttrales

Lawsonia intracellularis

Crottins, biopsies, intestins

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