Bactériologie vétérinaire

1. Généralités

Orbio fait partie du groupe Finalab, leader français privé de l'analyse de biologie vétérinaire et utilise les techniques reconnues et mises en place depuis de longues années au sein de ce groupe.

Toutes les données d'antibiogrammes obtenues chez Orbio sont transmises au Résapath (réseau français de surveillance de l' antibiorésistance des bactéries pathogènes animales, géré par l'ANSES).

L'analyse bactériologique a pour but de rechercher la (ou les) souche(s) pathogène(s) responsable(s) d'une affection et de déterminer leur sensibilité aux molécules antibiotiques disponibles en pratique vétérinaire (antibiogramme). Depuis la parution du décret 2016-317 du 16 mars 2016, l'antibiogramme est un prérequis pour l'utilisation des Céphalosporines de 3ème et 4ème génération et des Fluoroquinolones (antibiotiques critiques).

En cas d'infection chronique récidivante ou rebelle aux traitements, il est indispensable de procéder à cette analyse pour plusieurs raisons :

• Établir un traitement rationnellement démontré
• Éviter l'établissement de résistances antibiotiques, notamment en ce qui concerne les antibiotiques critiques
• Conforter le propriétaire dans l'administration du traitement

La connaissance de la médecine clinique vétérinaire, des spécificités microbiennes vétérinaires, le test de molécules antibiotiques utilisées en pratique vétérinaire permettent d'instaurer un traitement antibiotique ayant le maximum de chance de réussite chez un animal.

2. Règles générales de prélèvement

Toute antibiothérapie doit être interrompue de préférence au moins 8 jours avant le prélèvement.

Pour les prélèvements cutanés et auriculaires, il est préférable d'éliminer le pus et une partie de la flore commensale par un nettoyage au sérum physiologique préalable au prélèvement.

• Tissus et organes : les prélèvements doivent être placés dans des pots individuels stériles. Les anses intestinales doivent être absolument ligaturées et placées dans des pots séparés du reste des prélèvements.
   
• Écouvillons : les écouvillons sur milieu de transport (Amies-charbon, fournis par Orbio) sont idéaux pour les prélèvements issus des  voies nasales, du pharynx, des amygdales, des yeux, des oreilles, de la peau (sauf pyodermite profonde pour laquelle une biopsie du derme est préférable), des abcès, du vagin et du col utérin... Les écouvillons secs doivent être évités car ils ne permettent pas la survie de toutes les souches bactériennes pendant le transport.
  Attention, si une recherche PCR sur un prélèvement doit être effectuée en parallèle, deux prélèvements distincts doivent être fournis, l'un sur milieu de transport pour la bactériologie et l'autre sur un écouvillon sec, sur un fragment d'organe ou sur un liquide biologique pour le diagnostic par PCR.
   
• Selles : elles doivent être obtenues de préférence directement dans le rectum pour éviter toute contamination et placées dans un flacon adapté stérile (fourni par Orbio) et envoyées le plus rapidement possible au laboratoire.
   
• Urines : les urines doivent être collectées de manière aseptique (sondage ou cystocentèse) et envoyées le plus rapidement possible au laboratoire. La collecte d'urines émises par miction naturelle doit être évitée.
   
• Lait : la mamelle doit être nettoyée à l'eau et séchée puis désinfectée à l'alcool. Les premiers jets doivent être éliminés et le lait doit être récupéré dans un flacon stérile, sans toucher la mamelle/trayon. Envoyer le prélèvement accompagné d'un pack réfrigéré.
   
• Liquides biologiques : les ponctions de liquides d'épanchement, de kystes ou d'abcès, les lavages broncho-alvéolaires ou les liquides d'aspiration transtrachéale doivent être collectés de manière stérile sur des tubes secs (prévoir un tube EDTA supplémentaire pour la cytologie, si demandée)
   
• Sang : les hémocultures en aérobiose et anaérobiose ne sont réalisables que si le sang sur EDTA a été immédiatement transféré dans un flacon adapté. Le laboratoire Orbio n'en fournit pas en routine mais nous contacter si vous souhaitez réaliser une hémoculture. Deux à trois prélèvements doivent être collectés à quelques heures d'intervalle, si possible pendant des phases d'hyperthermie.
  
  
• Cas des recherches de souches anaérobies :
  Le prélèvement ne doit absolument pas être exposé à l'air. S'il s'agit d'un liquide biologique, le liquide doit être transféré dans un flacon ou tube de petite contenance et doit être rempli jusqu'au couvercle/bouchon. S'il s'agit d'un écouvillonnage, deux écouvillons distincts sont à fournir, l'un pour la culture en aérobiose, l'autre pour la culture en anaérobiose.

3. Culture et Identification bactériologiques

Chez Orbio, les prélèvements sont ensemencés sur 5 géloses différentes (gélose Columbia au sang, gélose Chocolat, Gélose au sang CNA sélective pour les Gram +, gélose CPS chromogène, gélose Sabouraud) et pour le cas des selles, dans des milieux et sur des géloses supplémentaires pour recherches spécifiques (Salmonella, Yersinia, Shigella, Campylobacter). Si les cultures sont demeurées stériles après le premier ensemencement, les prélèvements sont réensemencés en milieu d'enrichissement afin de pouvoir détecter un nombre de bactéries très faible ou des bactéries à croissance difficile (sauf pour les urines, pour lesquelles aucun enrichissement n'est effectué).

• Pour les recherches de souches anaérobies, les prélèvements sont enrichis au préalable dans du bouillon de Schaedler et la culture est poursuivie 5 jours.
• L'identification des souches est réalisée tout d'abord par l'utilisation de géloses chromogènes, par la coloration de Gram, et par la mise en évidence de caractères biochimiques particuliers (test catalase, oxydase...).
• L'identification finale est effectuée sur galerie API pour les bacilles Gram + et par spectrométrie de masse (technique MALDI-TOF) pour les autres souches. Dans les très rares cas où l'identification ne peut être obtenue, une identification par PCR et séquençage de l'ARN ribosomal 16s de la souche bactérienne peut être effectuée.

4. Antibiogramme

Chez Orbio, les antibiogrammes sont réalisés selon la norme NF U47-107 : diffusion des antibiotiques en milieu gélosé.

• Le principe consiste à déposer une suspension bactérienne sur une gélose spécifique et à appliquer des disques d'antibiotiques en concentrations connues. Après incubation, les diamètres d'inhibition de la croissance bactérienne autour des disques sont mesurés et enregistrés.

Il s'agit d'une technique de routine, rapide, avec un référentiel existant et des recommandations d'interprétation données par le Comité de l'antibiogramme vétérinaire de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM).

Les antibiotiques testés sont les molécules recommandées par le CA-SFM pour 4 grands types de souches bactériennes : Staphylocoques, Streptocoques, Pasteurelles et Entérobactéries.

Une attention particulière est prêtée aux profils de résistance spécifiques, notamment présence de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), céphalosporinase de haut niveau, présence de résistance à l'acide nalidixique pouvant prédire une résistance in vivo à toutes les quinolones etc...

Toutes les données d'antibiogrammes obtenues chez Orbio sont transmises au Résapath (réseau français de  surveillance de l' antibiorésistance des bactéries pathogènes animales, géré par l'ANSES).

5. Quelle thérapeutique ?

Une souche bactérienne a été identifiée.

Ses sensibilités sont connues aux molécules disponibles.

L'antibiotique doit aussi être choisi en fonction :

• de sa disponibilité au lieu de l'infection
• de son mode d'action
• de ses propriétés pharmacodynamiques et pharmacocinétiques
• de synergies potentielles avec d'autres antibiotiques
• de l'état de santé général de l'animal à traiter (par exemple, présence d'une insuffisance rénale)